La storia è quella classica: il giovane talentuoso pilota di robot ultratecnologici viene ingaggiato per proteggere una tanto giovane quanto bella studentessa che a sua insaputa è a conoscenza di segreti progetti militari. Ovviamente fra i due scaturirà qualcosa ed i cosiddetti buoni vinceranno.

I combattimenti e la tecnica robotica tenta (sottolineo TENTA) di emulare quella di evangelio, cercando di dare un certo "realismo tecnolgico" al tutto e mischiando metafisica e tecnica, ma il risultato è abbastanza scontato e di bassa qualità. Fortunatamente il ritmo degli stessi combattimenti è alto e la tensione è palpabile. Durante la serie accadono anche vari episodi grotteschi che donano una certa scorrevolezza alla serie. Fullmetal panic è stato amato molto dal pubblico femminile per la storia d'amore che c'è alle spalle della trama principale... tanto amato da dare ragione di creare, dopo le prime due serie classiche ("Fullmetal Panic" e "Fullmetal Panic second raid"), una terza serie a carattere prettamente sentimentale chiamato "Fullmetal Panic Fumoffu" in cui i personaggi si cimentano in situazioni piuttosto amorose. I personaggi hanno caratteri e soprattutto background interessanti e ben studiati, le psicologie dei personaggi si intersecano a meraviglia con la trama dell'anime e gli danno valore... forse è la parte più interessante dell'anime.